Skip to content

Wpływ nakazu mutacji na nowotwory mieloproliferacyjne AD 2

1 miesiąc ago

692 words

Hematopoetyczne frakcje komórek macierzystych i progenitorowych zostały wyizolowane w sposób opisany wcześniej.11 Jedna populacja (lin-CD34 + CD38-CD90 + CD45RA-) została wzbogacona zarówno w hematopoetyczne komórki macierzyste, jak i hematopoetyczne komórki progenitorowe (zwane dalej hematopoetycznymi Komórki progenitorowe ). W hodowlach jednokomórkowych hematopoetyczne komórki macierzyste i progenitorowe zostały posortowane na 96-studzienkowe płytki z dodatkiem cytokin, które uprzednio wykazano jako wspomagające ekspansję progenitorów.12 (Dalsze szczegóły znajdują się w sekcji Metody w Dodatkowym dodatku 1.) Analiza ekspresji genów i ich mutacji
Kolonie erytroidalnych jednostek tworzących pęknięcie wybrano, genotypowano, a następnie połączono do analizy w zakresie ekspresji (numer dostępu do ArrayExpress, E-MTAB-3086). Wcześniej opublikowane dane z sekwencjonowania13 zostały wykorzystane do skriningu nawrotowych mutacji kierowców u 10 pacjentów; 13 innych pacjentów poddano badaniom przesiewowym z zastosowaniem ukierunkowanego sekwencjonowania 111 genów lub regionów genetycznych związanych z rakami szpikowymi 14 (Tabela S2 w Dodatkowym dodatku 1).
Analiza statystyczna
O ile nie wskazano inaczej, wszystkie porównania przeprowadzono za pomocą dwustronnego testu t-Studenta. Użyliśmy oprogramowania GraphPad Prism, wersja 5.01, dla wszystkich analiz statystycznych z testem chi-kwadrat, testem Manna-Whitneya i testem t Studenta. Analizy wielowymiarowe przeprowadzono za pomocą oprogramowania statystycznego R. Dane exome i ukierunkowane sekwencjonowanie analizowano jak opisano w Dodatkowym dodatku 1.
Wyniki
Stabilna niejednorodność klonalna w przewlekłych nowotworach mieloproliferacyjnych
Rysunek 1. Rycina 1. JAK2 V617F Poprzednio lub po mutacjach TET2 u pacjentów z nowotworem mieloproliferacyjnym przewlekłej fazy. Jak pokazano w Panelu A, kolonie jednostek tworzących erytroidalne wybuchy (BFU-E) hodowano w podłożu półstałym z jednojądrzastych komórek krwi obwodowej uzyskanych od pacjentów z nowotworami mieloproliferacyjnymi, którzy nosili mutacje w TET2 i JAK2. Kolonie (od 20 do 200 na pacjenta,> 7000 ogółem) zebrano i pojedynczo zsekwencjonowano w celu określenia składu klonalnego i kolejności, w której uzyskano mutacje. W panelach B i D litery i cyfry u góry każdej kolumny są numerami identyfikacyjnymi pacjentów dla poszczególnych pacjentów. Liczby obok numerów identyfikacyjnych pacjentów wskazują całkowitą liczbę kolonii w tym genotypie pacjenta, z procentami całkowitych kolonii każdego z genotypów pokazanych poniżej. Kręgi obok tych wartości procentowych są proporcjonalne do wartości procentowych. U każdego z tych 3 pacjentów z nowotworem mieloproliferacyjnym, u których wystąpiła długotrwała choroba, czas od rozpoznania wynosił 61 miesięcy (u pacjenta z nadpłytkowością samoistną [ET], lewa kolumna), 67 miesięcy (u pacjentki z czerwienicą prawdziwą [PV] środkowa kolumna) i 16 miesięcy (u pacjenta z mielofibroza [MF], prawa kolumna). Podobny poziom niejednorodności klonalnej występował u większości 24 pacjentów z nowotworami mieloproliferacyjnymi (patrz ryc. w dodatkowym dodatku 1). Średni całkowity czas trwania choroby wynosił 80 miesięcy u pacjentów z czerwienicą prawdziwą, 97 miesięcy u pacjentów z nadpłytkowością samoistną i 85 miesięcy u pacjentów z mielofibrozą. J oznacza mutację JAK2 V617F, homozygotyczność JJ JAK2 V617F, niezmutowane NM i mutację TT2. W panelu C ułożony wykres słupkowy wskazuje na status mutacji kolonii u pacjentów z czerwienicą prawdziwą, nadpłytkowością samoistną i mielofibrozą. Całkowita liczba kolonii na pacjenta jest pokazana u góry każdej kolumny; średnie odsetki są pokazane w przypadkach powtarzanych testów. Heterozygotyczne i homozygotyczne nabycie mutacji traktowano jako odrębne zdarzenia mutacyjne. Subklony zawierające tylko pierwszą mutację były częstsze u pacjentów z czerwienicą prawdziwą (P = 0,01 w teście Manna-Whitneya) i nadpłytkowości samoistnej (P = 0,02 w teście Manna-Whitneya) niż u pacjentów z mielofibrozą. Klonalną kompozycję określono u 12 pacjentów z nowotworami mieloproliferacyjnymi w odstępach 12 do 44 miesięcy; 2 reprezentatywnych pacjentów pokazano w panelu D. Zanik klonów w obserwowanym okresie czasu był rzadki, a tylko 3 z 44 klonów spadały poniżej wykrycia w kontrolnych próbkach.
Aby zidentyfikować pacjentów, którzy nosili mutacje zarówno w JAK2 jak i TET2, zsekwencjonowaliśmy wszystkie egzony genu TET2 u 246 pacjentów (92 pacjentów z niezbędną nadpłytkowością, 107 z czerwienicą prawdziwą i 47 z mielobrzuszem), którzy nosili JAK2 V617F. Mutacje TET2 zidentyfikowano u 24 pacjentów (7 z nadpłytkowością samoistną, 11 z czerwienicą prawdziwą i 6 z mielofibrozą) (tabela S1 w dodatkowym dodatku 1), z których ponad 7000 indywidualnych kolonii hematopoetycznych stanowiły mutacje JAK2 i TET2 (Figura 1A) do ustalić kolejność mutacji (rysunek 1B)
[więcej w: kabiny toaletowe, wyposażenie taktyczne, Upadłość transgraniczna ]

Powiązane tematy z artykułem: kabiny toaletowe Upadłość transgraniczna wyposażenie taktyczne